Ayumu Aikawa, un estudiante de secundaria de 16 años es trágicamente es asesinado.
Sin embargo, es revivido como zombie por Eucliwood Hellscythe, una niña con armadura que Ayumu había conocido minutos antes del hecho.

Ahora Ayumu (el inmortal) se propone buscar a su asesino.
Pero cierto día, encuentra a una niña bulliciosa vestida como una Chica mágica llamada Haruna, quien estaba luchando contra un oso pero con una motosierra.
Después de matar a la bestia, Haruna intenta borrar los recuerdos que Ayumu, pero el inmortal Ayumu absorbe la magia, despojandola de sus poderes; Es así como Ayumu ahora deberá asumir el papel de cazar extrañas criaturas monstruo conocidas como "Megalo" que deambulan en el mundo humano y aterrorizan a la población.

Kore wa Zombie Desu ka? sigue la tragicomedia diaria de un simple humano convertido en zombie mientras comienza su nueva y ridícula vida donde lo sobrenatural es tratado como algo normal.